Капітан генерального штабу
На жаль, будівництво залізниці було перервано на невизначений термін.
Юзеф залишає залізницю за власним бажанням і через те, що він не хотів поселитися в Петербурзі, його переводять у фортецю у Бресті Литовському на посаду керівника інженерних робіт. Калиновський прибуває там у вересні 1860р. Життя складається досить непогано – він стає капітаном генерального штабу. Та власне там Юзеф переживає час великих сумнівів, які штовхають його до висновку, що військова кар’єра не є його покликанням.
Що є причиною такого рішення?
Однією з причин є передусім важке становище католицької Церкви, яка переслідувалась царем, вимушене приєднання уніатів візантійського обряду до православних, так і безнадійна ситуація молоді, перед якою окупаційна влада закрила школи.
З власної ініціативи і на власну відповідальність він відкриває недільну школу для польських дітей, в якій одночасно був вчителем і вихователем.
Відставка з війська
У Бресті Литовському Юзеф Калиновський зрозумів, що професія військового в царській армії перечить його патріотичній поставі. Тому він просить відставки зі ступеня капітана і шукає інше місце праці. До такого рішення схилило його, напевно, і те, що він був свідком анти-російської маніфестації під час відпустки у Варшаві у 1861р.,а до цього, будучи на лікуванні в Цєхоцінку, спостерігав антипольські настанови в рядах царської армії. Остаточне рішення про відставку народилося з вибухом повстання у січні 1861 року. Святий Рафал признає, що “неможливо було залишатися у військовій формі, коли серце здригалось від усвідомлення про пролиття братньої крові”
Учасник Січневого повстання
Юзеф Калиновський, як мало хто ,знав мілітарну силу царської армії і міг передбачити, що повстання було приречене на поразку. “Занадто ясно поставала перед душею суперечність беззахисного народу з суперечністю уряду, який володіє великою збройною силою. ” Він був впевнений, що Польщі “треба пролити більше поту, аніж крові, так як останньої забагато вже пролито, “- так писав Юзеф до свого старшого брата Віктора 17 березня 1863 року. В цій ситуації він постійно задавав собі питання: “Чи можна мені перед стількома особами, які все присвятили для справи, яка вважалась тоді за народну, чи можна мені було залишатись безчинним? ” І так він остаточно приєднався до повстання і став навіть Військовим Міністром в окрузі Вільно.
Рятуючи життя ближніх
Святий Рафаїл так описує в “Спогадах” свою діяльність у повстанні: “Передусім я у своїй діяльності старався приносити допомогу, а там, де це було можливе, рятувати людське життя “.
Коли на команду Народного Уряду в перших днях липня 1863р. він повернувся з Варшави до Вільно, повстання було вже майже придушене. В місті панував несамовитий террор, який сіяв царський уповноваженний Михайло Муравйов. Монастирі він замінював на в’язниці, наказав арештувати вільновського єпископа Адама Красинського, якого невдовзі заслав на вигнання, протягом тільки одного місяця підписав 18 смертних вироків і цілі села засилав на Сибір. У цій ситуації нелегко було керувати повстанням.
Майбутній святий – Юзеф Калиновський – старався передусім рятувати людей і запобігати найгіршому, що могло очікувати його співвітчизників.
Він знав, що людина реалізує себе в служінні іншим людям. Цей принцип керував ним тоді, коли він приєднався до повстання, хоча й передбачав, що воно буде придушене. Мав він тільки одну мету: рятувати повстанців: “відмовляти інших від вчинення помилки”. Отець Отто Філек пише: ” не мати жодної причетності у вчиненні великої помилки, а потім однак взяти добровільну участь і нести відповідальність за цю помилку, розділяти нещастя разом з іншими, нікого не звинувачуюючи (а швидше беручи на себе провину інших) — це красномовно свідчить про велич Юзефа Кали-новського”.
Арешт і вирок
Після довгого і таємного шпіонажу в ніч з 24 на 25 березня 1864р. росіяни арештували Юзефа Калиновського і ув’язнили в подомініканському монастирі, який став в’язницею для повстанців. Він був одним з останніх керівників повстання, що перебував на волі.
Його провина була особливо важкою: екс-капітан царського війська став Військовим Міністром у повстанні проти царя.
Тому вирок, який видав військовий суд 2 червня того ж року, був найважчий: смертна кара!
Численні прохання його родичів, загальна повага, а передусім лист який він сам написав до Муравйова, посприяли тому, щоб “Нерон поляків” змінив смертну кару на 10 років примусових робіт у Сибірі. Таким чином, він уникнув ризику, що народ визнає Калиновського мучеником.