Бердичівський монастир босих кармелітів в Україні був заснований київським воєводою Янушем Тишкевичем у 1630 році в знак подяки за звільнення з татарського полону. Започаткування чернечого життя у монастирі та посвячення нижнього костелу в ім’я Непорочного Зачаття Діви Марії відбулися 22 липня 1642 року. Літургійне богослужіння здійснив київський єпископ Андрій Шолдрський. З нагоди цієї урочистості фундатор подарував для костелу ікону Матері Божої Сніжної, написану в XVI столітті у стилі Одигітрії. Ця ікона була у великій пошані в родині Тишкевичів, з котрою остання пов’язувала багато отриманих благодатей.
Вшановування ікони набувало розмаху, а велика кількість віруючих свідчила про особливі благодаті, отримані від лику Пресвятої Діви Марії. Чудесно зцілений був також київський єпископ Станіслав Заремба. Після ознайомлення з належною документацією щодо значної кількості чудес за заступництвом Пресвятої Діви Марії, 23 травня 1647 року він видав офіційний документ, в якому оголосив ікону Матері Божої Бердичівської чудотворною. Це стало початком довгої традиції паломництва до Санктуарію.
В 1739-1754 рр. будується верхній костел. Над нижнім костелом піднялася типова базиліка, що має форму латинського хреста з куполом на перехресті трансепту. Новий костел був освячений 9 червня 1754 року київським єпископом Каєтаном Солтиком. На засіданні Сенату в Гродно єпископ звернувся від імені босих кармелітів з проханням про коронацію ікони папськими коронами. Після отримання згоди Сенату польський король Август ІІІ та Примас Польщі Адам Коморовський звернулись з аналогічним проханням до Святішого Отця Бенедикта XIV. Папа переслав оздоблені дорогоцінним камінням корони та офіційний декрет, датований 28 січня 1753 року. Коронація ікони єпископом Каєтаном Солтиком відбулась з королівським розмахом 16 липня 1756 року. В цьому богослужінні взяли участь ченці та черниці, представники клеру, війська, а також 50 тисяч віруючих.
В І половині XIX століття золоті корони, які оздоблювали ікону Матері Божої Бердичівської, були вкрадені. На прохання кармелітів щодо повторної коронації, Папа Пій IX переслав нові корони. Повторну коронацію здійснив 6 червня 1854 року єпископ Каспер Боровський. У 1866 році російський цар конфіскував монастир і віддав Санктуарій під опіку діецезіальних священиків. У післяреволюційному періоді на короткий проміжок часу кармеліти повернулись до Бердичева. Після смерті отця Терезія Штобрина в 1926 році комуністична влада конфіскувала Санктуарій, передаючи його у державну власність. Верхній костел був перетворений на музей революції та музей атеїзму, а нижній – на міський кінотеатр. В 1941 році, напередодні фашистської навали, у Санктуарії в результаті підпалу спалахнула пожежа. Вірогідно, тоді й згоріла ікона.
15 листопада 1991 року Римо-Католицька Церква знову отримала у власність верхній та нижній костели в Бердичеві. В нелегких умовах проводилась парафіяльна та пастирська робота в зруйнованій святині. Кармеліти взялись за реалізацію важкого завдання – відбудови обох храмів. До Санктуарію стали приходити натовпи паломників. Була написана нова ікона Матері Божої Бердичівської. Новий лик Діви Марії благословив 9 червня 1997 року Святіший Отець Іван Павло ІІ в костелі святої Ядвіги у Кракові. Коронація ікони папськими коронами відбулась під час престольного свята на честь Матері Божої з гори Кармель 19 липня 1998 року. Коронатором від імені Папи Римського був Ординарій Київсько-Житомирської єпархії, єпископ Ян Пурвінський. На руїни, залишені нам комуністичною епохою, до свого Санктуарію повернулась Богородиця, щоб лікувати зранені серця, дарувати зір сліпим, відкривати людям правдивий сенс життя і вести усіх до свободи дітей Божих.
27 жовтня 2011 року конференцією єпископату України було прийняте рішення оголосити дотеперішній Дієцезіальний Санктуарій Матері Божої Бердичівської всеукраїнським національним Санктуарієм. Таким чином офіційна його назва стала: Всеукраїнський Санктуарій Матері Божої Святого Скапулярію.
9 червня 2012 року відбулось освячення верхнього храму Санктуарію. Головним консекратором святині був архієпископ Мечислав Мокшицький, митрополит Львівський, а співконсекраторами – архієпископ Петро Мальчук та єпископ Станіслав Широкорадюк.
